نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در دانشگاه‌ها حسب عنایت و دستور حضرت آیت‌الله خامنه‌ای (مدظله‌ العالی) با هدفی متعالی و در راستای ایجاد دانشگاه مومن و متعبد به هدایت الهی و در راستای تبیین ارزش‌های اسلامی و تعمیق آگاهی‌های دینی و اعتقادی دانشجویان و دانشگاهیان و بر اساس مصوبه نهایی اسفندماه سال ۱۳۷۲ شورای‌عالی انقلاب فرهنگی مبنی بر ایجاد سازمانی جدید برای تحقق منویات معظم‌ له، بر اساس اهداف و وظایف معین تشکیل گردید که در کلیه دانشگاه‌ها و مراکز آموزش‌عالی به انجام وظایف مصرح در اساسنامه می‌پردازد.