موضوع سازمان عبارت است از:
تامین نیازهای اساسی دولت در زمینه حسابرسی و ارایه خدمات تخصصی مالی به بخشهای دولتی و تحت نظارت دولت.
تدوین و تعمیم اصول و ضوابط حسابداری و حسابرسی و آیین رفتار حرفهای منطبق با موازین اسلامی.
تحقیق و تتبع در روشهای علمی و عملی به منظور اعتلای دانش تخصصی منطبق با نیازهای کشور.